扬州大学环境科学与工程学院办学历史悠久，其前身是由原扬州工学院、江苏水利工程专科学校和江苏农学院部分专业合并而来。1992年为充分发挥扬州本地各大学综合办学优势，正式了成立综合性扬州大学，将原来的扬州工学院、江苏水利工程专科学校里部分专业进行合并，成立了扬州大学水利与建筑学院。2003年原江苏农学院的农业环境资源专业与学院各专业进行整合，成立了扬州大学环境科学与工程学院。

现学院设有环境科学系、环境工程系、市政工程系、资源环境科学系和海洋科学系；有环境科学、环境工程、给排水科学与工程、资源环境科学、海洋资源与环境5个全日制本科专业；有市政工程博士学位点；有环境科学、市政工程、植物营养学、土壤学、水生生物学等5个学术型硕士学位点和工程硕士（环境工程领域、土木工程领域市政工程方向）、农业推广硕士（农业资源利用领域）专业学位授权点。在校普通全日制本科生、硕士研究生近千人。