环境科学与工程学院于2003年由原工学院、水利与建筑工程学院、农学院相关专业进行整合组建而成，办学历史可追溯到1952年。

学院坚持以习近平生态文明思想为指导，教学为中心，将人才培养与“美丽中国”建设紧密相结合。设有环境科学系、环境工程系、市政工程系、资源环境科学系、教学实验中心和测试中心，建有江苏省环境科学与工程实验教学示范中心和江苏省水污染控制与治理实践教育示范中心2个省级教学平台。现有环境科学、环境工程、给排水科学与工程、资源环境科学、资源环境科学（江苏高校中外学分互认联合培养项目）5个全日制本科专业。给排水科学与工程和环境工程两个专业2018年通过中国工程教育认证，资源环境科学专业、给排水科学与工程专业分别于2020、2021年入选江苏省省级一流专业建设点。《土壤医院》被列为国家级一流本科课程，《土壤肥料学》被列为省级一流本科课程。学院积极推动国际化人才的培养与交流合作，设有成建制海外留学生班和中美“1+2+1”学分互认项目，还与国外多所大学建有本科生联合培养项目。

学院拥有环境科学与工程、农业资源与环境两个一级学科硕士授权点，市政工程二级学科硕士授权点，资源与环境、资源利用两个专业硕士授权点、农业绿色发展与环境健康交叉学科博士授权点，9个省级研究生工作站。学院建有近1.2万平米的教学科研实验室，教学与科研设施齐全，仪器及装置设备先进。现有教职工121人，在以中青年教师为主体的101名专任教师中，有教授(研究员)22人、副教授44人，具有博士学位教师近97%、海外留学工作经历者达50%。

学院围绕国家战略和区域发展需要，充分发挥多学科多领域的交叉优势，与国内外诸多科研院所建立了广泛的学术交流和科研合作关系。建有农业农村部耕地质量与监测重点实验室、农业农村部盐碱土改良与利用（滨海盐碱地）重点实验室、江苏省水环境保护与装备工程实验室、江苏省环境材料与环境工程重点实验室、江苏省扬州农业环境安全技术服务中心等科研与社会服务平台，积极开展科学研究和社会服务工作。近年来，共主持国家自然科学基金、国家科技重大专项和研究计划37项；江苏省重点研发计划等省部级以上科研项目80余项，年均到账科研经费近3000万元，在SCI等学科期刊发表高质量学术论文800余篇，获授权专利近100项、省部级科技进步奖14项。在污染农田土壤修复、耕地质量提升、固废资源化、水体蓝藻治理、农村环境综合整治、污染场地修复等方面取得了一系列标志性成果。

学院设有学生会、社团管理中心、宣传报道中心、学生服务中心、研究生会五大学生组织，深入凝练和聚焦学院的学科专业特色与资源优势，构建“一体两翼”文化实践育人模式。品牌项目“土壤医院”“碧水润乡”等先后获评国家第九届母亲河奖、江苏省第六届母亲河奖、江苏省优秀青年志愿服务项目、江苏社会实践优秀团队等荣誉，相关活动多次获《光明日报》《人民日报》等国家重点媒体报道。